Şəhid olduğu gecə imam (ə) yuxuda babası Peyğəmbəri görmüşdü ki, ona belə buyurdu: «Sabah bizim yanımıza gəl. Bizim yanımızda olan, indi içində olduğundan daha yaxşıdır».

Hərsəmə belə deyir: Gecə yarısı imam (ə) məni hüzuruna çağırdı. Mən imamın yanına getdim. Həzrət mənə belə buyurdu: «Mə᾽mun sabah məni üzüm və narla zəhərləyəcək. Bunu bil ki, şəhid olduğumdan sonra o, məni qüsl etmək istəyəcək. Ona belə de ki, bu işi görmə, yoxsa Allah sənə möhlət verməz. Elə bu vaxt heç kimin görüb bilmədiyi bir şəkildə oğlum Mədinədən gəlib qüsl və kəfən edəcək. Sonra mənim meyidimi Harunun məqbərəsinə aparacaqlar və Mə᾽mun məni onun arxasında dəfn etmək istəyəcək. Lakin vurduğu külüng yeri qazmayacaq. Bu vaxt sən Mə᾽muna de ki, qəbrin önündə külüngünü yerə vursun. Sonra hazır bir qəbir görünəcək və başının üstündə şəffaf su qaynayıb daşacaq və suyun içində kiçik balıqlar görünəcək. Sonra böyük bir balıq gəlib kiçik balıqları yeyəcək, ondan sonra su çəkilib gedəcək. Bu vaxt məni qəbrə qoyun, amma qəbrimə torpaq tökməyin. Çünki qəbir öz-özünə dolacaq. Ey Hərsəmə, dediyim işləri görün və qoymayın ki, ayrı iş görülsün, yoxsa Allah sizi əzablandırar». Nəhayət Mə᾽mun o həzrəti Mərvdən Bağdada gedən yolda, Tus şəhərində zəhərli üzümlə zəhərləndi. Həzrət (ə) evinə qayıdıb köhnə dostu Әbasəltə belə buyurdu: «Evin xalçalarını yığışdır və heç kimi evə gəlməyə qoyma. Mənim can verən zamanımdır. Mən də babam Hüseyn kimi torpaq üstündə can vermək istəyirəm.»

Imamın şəhid olmasından qabaq Mə᾽mun həzrətin yanına gəldi. Imam (ə) gözlərini açıb ona belə dedi: «Oğlum imam Məhəmməd Təqi ilə yaxşı rəftar et. Çünki səninlə onun vəfatı bir-birinə yaxındır».

Imamın pak bədənini qabaqca Harunun dəfn olunduğu məqbərədə, qəbrin önündə torpağa taşırdılar. Bu faciə 203-cü Hicri ilinin Səfər ayının son günündə, imam 55 yaşında ikən baş verdi.

Imamın şəhid olmasından sonra Xorasanda böyük bir üsyan baş verdi və Mə᾽mun özünü əzadar göstərmək üçün ağlaya-ağlaya başına döyürdü. Lakin əksəriyyət bilirdi ki, Mə᾽mun imamın qatilidir. Mə᾽mun üsyançıların qorxusundan və qiyamın genişlənməsinin qarşısını almaq üçün bir gecə-gündüz icazə vermədi ki, imamın meyidini evdən çıxartsınlar. O, həmçinin xalqın arasına öz adamlarını göndərdi ki, imamın öz əcəli ilə öldüyü şayiəsini yayıb Mə᾽munun bu işdə əli olmadığını inandırsınlar. Lakin bütün bu cəhdlərə baxmayaraq o, özünü günahsız göstərməyə müvəffəq olmadı. Günü-gündən xalqın gözündə daha dəyərsiz oldu və nəhayət çox pis bir vəziyyətdə öldü.